Ciao, bisognerebbe capire quanti giorni avete in totale; se non sono più di 4-5, vi conviene restare a Lisbona - per cui due giorni sono decisamente pochi - ed eventualmente pensare a una gita in giornata con mezzi pubblici.
Anche se avete a disposizione una settimana i tempi rimangono un po' stretti. In Portogallo, in generale, le cose da vedere sono tantissime, soprattutto nella regione centrale; ma non escluderei per esempio l'Alentejo, che è poco turistico ma offre vari centri interessanti (Evora, la più conosciuta, ma anche Beja, Moura, Serpa, Monsaraz...).
L'Algarve, a meno che non vi interessino particolarmente le spiagge, tenderei a evitarlo: non è vicino a Lisbona e almeno le città più note sono fortemente condizionate dal turismo balneare di massa; quantomeno, bisognerebbe passarci un periodo di tempo adeguato e disporsi a girare molto.