La visita a questo Museo è da consigliarsi non solo per la collezione esposta ma anche, e forse ancor di più, per il Palazzo in cui è ospitato. Si tratta del palazzo arcivescovile, costruito su una solida base di pietre massicce provenienti da un edificio Inca, forse proprio la Casa dell'Inca, e nella parte superiore è adornato da meravigliosi balconi lignei, soprattutto quello angolare, il più bello di Lima. Entrati attraverso l'imponente portale in pietra di forme barocche si entra in un piacevole chiostro, con verdi aiuole e rose fiorite ed una fonte di pietra scolpita. Il portico scandito da agili colonnine che gira intorno a questo chiostro è adornato da maioliche d'epoca e panche lignee lavorate di gran pregio.
Entrati nel salone principale delle udienze, con pavimenti e soffitti lignei si iniziano ad ammirare sculture e quadri ad olio del Seicento e del settecento di eccellente qualità, il meglio della produzione della Scuola di Cuzco.
Opere che si ammirano anche nella piccola. Cappella privata, con piccole vetrate policrome, un retablo di legno laminato d'oro ed un soffitto ligneo a cassettoni di eguale pregio.
Anche le grandi tele con immagini di processioni in epoca cinquecentesca sono interessanti, riprendono infatti anche gruppi di nobili Inca che assieme agli spagnoli si uniscono al culto divino. Preziose testimonianze di un'epoca storica lontana.