Compagnia aerea più grande del paese, la Japan Airlines (JL) ha i quartieri generali a Tokyo. Vola senza sosta verso circa 60 destinazioni nazionali e più di 30 destinazioni internazionali in Asia, Europa, Oceania, America del Nord e America del Sud. JL fa parte dell'alleanza oneworld e ha contratti di codeshare con circa altre 30 compagnie aeree. La compagnia aerea ha quattro classi di servizio: prima classe, Executive Class (l'equivalente della Business Class), la Classe J turistica Premium (classe turistica con posti a sedere con sedili più larghi) e classe turistica. La sua flotta presenta una varietà di configurazioni a due, tre o quattro cabine. Gli hub primari di Japan Airlines si trovano all'Aeroporto Haneda di Tokyo (HND) e all'Aeroporto Internazionale di Narita (NRT).